碘酒和酒精在成分、消毒能力、刺激性、適用范圍、化學原理方面存在不同。 1.成分：碘酒是碘和碘化鉀的酒精溶液，碘是主要的殺菌成分，碘化鉀可增加碘的溶解度；酒精主要成分就是乙醇，常見的是75%的乙醇溶液。 2.消毒能力：碘酒消毒能力較強，可殺滅細菌芽孢、真菌、病毒等多種微生物；酒精能殺滅細菌繁殖體、部分真菌和病毒等，但對芽孢的殺滅能力較弱。 3.刺激性：碘酒對皮膚黏膜刺激性較大；酒精相對碘酒刺激性小一些，但也有一定刺激性。 4.適用范圍：碘酒常用于皮膚消毒，尤其是術前皮膚消毒；酒精除了皮膚消毒，還可用于醫療器械的消毒等。 5.化學原理：碘酒中碘元素具有強氧化性，能使細菌蛋白質變性而起到殺菌作用；酒精能使細菌蛋白質脫水、凝固變性，從而達到消毒目的。 碘酒和酒精在多方面存在差異，二者化學原理不同，在醫療中都有重要的消毒用途，應根據具體情況合理選用。

碘酒是高效消毒劑，酒精是中效消毒劑，消毒的范圍和效果是不同的。還有一樣是酒精有很強的刺激性，很多人的會造成皮膚發紅，如果做皮試會皮膚發紅，造成結果的誤差。

酒精的消毒殺菌原理是由于酒精能使菌體蛋白質脫水。凝固、變性，進而殺死細菌。碘酒是碘和碘化鉀的酒精溶液，碘酒中的碘元素可直接鹵化菌體蛋白質，使蛋白質變性沉淀，進而殺滅細菌，其殺菌作用強而快，2％碘酒互分鐘可殺滅各種細菌、霉菌和細菌芽胞。所以碘酒的消毒效果好于酒精，但碘酒對皮膚和粘膜的刺激性大，可損傷皮膚和粘膜，用后要馬上用酒精脫碘。另外要注意碘酒不能與紅藥水同用，因碘酒中的碘與紅藥水中的汞，可發生化學反應生成碘化高汞，碘化高汞有毒性，對人體有傷害作用。