兒童腦炎的治療包括明確病因、控制炎癥、緩解癥狀、預防并發癥以及后期康復，具體有藥物治療、物理降溫、營養支持、密切觀察和康復訓練等。若身體感到不適，務必立刻就診，遵循醫生的建議進行治療，切勿自行開處方。
1.病因治療：首先明確導致腦炎的病原微生物，如病毒、細菌、真菌等。若是病毒性腦炎，可使用阿昔洛韋、更昔洛韋等抗病毒藥物；細菌感染引起的，常用頭孢曲松鈉、頭孢噻肟鈉等抗生素。
2.控制炎癥：通過使用糖皮質激素如地塞米松，減輕炎癥反應，緩解腦組織損傷。
3.對癥處理：若患兒出現高熱，可用對乙酰氨基酚、布洛芬等退燒藥，或采取物理降溫，如溫水擦浴。
4.預防并發癥：密切監測患兒生命體征，預防腦水腫、癲癇等并發癥。
5.營養支持：保證患兒營養攝入，可通過靜脈輸注營養液或給予易消化的飲食。
6.康復訓練：病情穩定后，進行康復訓練，如認知訓練、肢體功能鍛煉等，促進神經功能恢復。
兒童腦炎的治療需要綜合多種方法，及時診斷和治療有助于患兒恢復健康。家長應帶患兒到正規醫院就診，遵循醫生的建議進行治療和護理。

腦炎應該明確病因，細菌性的給予抗生素治療，病毒性目前無針對病原的治療。無論何種原因導致的腦炎都可以給予營養腦細胞等對癥治療。

更多腦炎是腸道病毒/皰疹病毒等等，可能沒有特殊檢查能確診，但同時，多數沒有嚴重并發癥與后遺癥，至于治療，首先是抗病毒，干擾素通常不是首選。可以選擇阿昔洛偉或病毒唑這要看當時癥狀與醫生據此的判斷來選擇，然后是降顱壓，可以選擇甘露醇或右旋糖酐，劑量，次數。也是需要看癥狀，嚴重的話，還需要用激素。

寶寶上述情況建議菌培養后藥物菌敏感試驗的，然后使用敏感抗菌素治療