規療法的缺點是療程較長，少數患者不能堅持用藥及規律用藥，而導致病變復發，或尿檢查結核桿菌及膿尿持續陽性。由于利福平及異煙肼為完全的殺菌藥，應用利福平及異煙肼的兩期療法，即開始強化階段，隨后繼續鞏固階段，療效很高，用藥期少于12個月也是如此，展現出短期療法的新局面

有效的藥物治療使手術治療的地位有所改變，以往許多必須進行手術治療的病例現在可通過非手術療法。手術時機比較公認的是正規抗結核治療4～6周后進行。手術方式也多種多樣。手術方式根據病腎破壞情況可考慮：病灶清除術、腎部分切除術、腎切除術等。不論采用何種手術，術后仍應繼續用藥，參照前述標準停藥。

腎結核尿的污染，以及輸尿管結核沿黏膜下的蔓延，使膀胱三角區很快出現充血、水腫，逐漸出現結核結節。三角區首先受累，并很快蔓延到膀胱全壁，結核結節融合，豆渣化，形成潰瘍。潰瘍如果廣泛侵入膀胱肌層，即使切除患腎之后，膀胱肌層中仍會發生嚴重的纖維化

膀胱結核繼發于腎結核，少數由前列腺結核蔓延而來。膀胱結核多與泌尿生殖系結核同時存在。早期病變為炎癥、水腫、充血和潰瘍，晚期發生膀胱攣縮。