首先耐藥是目前已上市的幾個口服抗乙肝病毒藥物的共性，所有的口服抗乙肝病毒藥物都有可能產生耐藥，但耐藥并不可怕，經過10年以上的經驗積累，醫生在沒有產生耐藥的時候就可以預測耐藥的發生，并及時采取措施預防耐藥，即使耐藥出現了，通過挽救治療同樣可以重新獲得病毒學抑制。其次，對于即將準備口服抗病毒藥物治療的慢性乙肝患者，首先要明確抗乙肝病毒治療的長期性，然后再選擇藥物，在選擇藥物時須從經濟、藥物安全性、是否延緩疾病進展等方面來綜合考慮作出選擇，這樣才能實現慢性乙肝長期抗病毒治療的目標。

乙肝病毒的繁殖是以復制形式進行的，它在人體細胞內或肝細胞核內不斷地復制零件，然后再把這些零件組裝成完整的病毒顆粒，在復制時還要有一個模子，學術名詞稱為模板，又叫ccc-DNA，它比較穩定地深藏在乙肝病毒的細胞核內，不斷復制病毒釋放入肝細胞漿和血液中。目前的抗病毒藥物對這個模板鞭長莫及。用藥后，HBV的復制被抑制了，模板照樣存在，一旦停藥，HBV就會再度復制。這就是乙肝難治的根本原因。