難治的另一些原因是慢性乙肝的發病機制還沒有全部搞清，HBV復制的細節也不十分清楚。部分乙肝患者常合并丙肝病毒、丁肝病毒的混合感染，或伴有脂肪肝、膽道感染等疾病，或因治療過度引起藥物性肝損傷，都會增大治療的難度。慢性乙肝的復發幾乎是不可避免的，但復發并不可怕，面對復發的策略是再治療，并且是力爭及早再治療。及時、正確應用抗HBV藥物進行再治療，仍然可抑制HBV的復制并取得良效。對復發的治療要持之以恒。

大部分乙肝感染者可能終生攜帶病毒而不發病，只有少數的感染者會發展成為慢性肝炎。但大多數病人經過醫生的治療病情會好轉，可以正常學習和工作。根據我國有關規定，招生時除部分院校，招工時除餐飲業、幼教等崗位外，其他的學校和單位不能拒絕澳抗陽性的人員，大多數乙肝病毒攜帶者應該有正常工作、學習和享受婚姻生活的權利。肝病患者的飲食結構要合理，要多食蔬菜、水果，以補充足夠的維生素和纖維素，也有助于促進消化功能。肝臟功能減退時常常影響脂肪代謝，所以很多慢性肝炎患者會合并有肝炎后脂肪肝。因此飲食要低脂肪、低糖(過多的糖進入人體內易轉化為脂肪)、高蛋白。