治療方法的選擇要依據病損的部位和侵襲性的情況而定。長期的觀察會發現部份生長緩慢無痛的動脈瘤樣骨囊腫同時有自行消退的表現。選擇性營養靜脈的檢查切除和溶栓藥物經皮局部溶栓都是較新的治療方法。經皮腔內早基丙烯酸樹脂注射用于頸椎體的動脈瘤樣骨囊腫治療，有成功病例報告。常用的治療方法有手術治療、冷凍療法和放射治療等手術治療：包括刮除，刮除植骨，局部大塊切除(蝶形手術)，段截甚至截肢等方法。單純刮除，刮除植骨復發率較高(20%～60%)，個別病例可多次復發。局部大塊切除或段截方法操作和術后處理比較復雜，術后需要骨移植，這種方法治療比較徹底，復發率很低囊腫部位的骨皮質比較薄，易發生病理性骨折，一旦發生對治療造成一定的麻煩，所以平時要注意避免患處受力。

動脈瘤樣骨囊腫的臨床表現為腫、脹、痛。有時鄰近關節活動受限。脊柱的病變可造成神經受壓征狀。動脈瘤樣骨囊腫需要手術治療，如果拖延，病變范圍更大。由于孩子很小，動脈瘤樣骨囊腫手術相對出血多