巧克力囊腫是子宮內膜異位癥的一種常見表現，雙側分別為 3.5cm 和 4.1cm 的巧克力囊腫是否能治好，取決于多種因素，如患者年齡、癥狀、囊腫生長速度、是否有生育需求以及治療方法的選擇等。 1. 患者年齡：年輕患者，卵巢功能較好，治療后恢復相對容易；年長患者，尤其接近絕經，治療方式和效果會有所不同。 2. 癥狀輕重：若癥狀輕微，如僅有輕微腹痛，治療效果通常較好；若癥狀嚴重，如劇烈腹痛、月經紊亂，治療難度可能增加。 3. 囊腫生長速度：生長緩慢的囊腫，治療相對容易控制；快速生長的囊腫，惡變風險增加，治療更復雜。 4. 生育需求：有生育需求的患者，治療需兼顧保護生育功能；無生育需求的患者，治療方案選擇更多。 5. 治療方法：包括藥物治療（如孕三烯酮、達那唑、地諾孕素等）和手術治療。藥物治療能緩解癥狀，但囊腫縮小可能不明顯；手術治療可直接去除囊腫，但存在一定風險和復發可能。 總之，雙側巧克力囊腫的治療效果因人而異。患者應在醫生指導下，根據自身情況選擇合適的治療方案，并定期復查。

巧克力囊腫屬于子宮內膜異位癥的其中一種，要高度重視積極正確治療。西醫手術以及激素治療復發幾率高，可考慮中醫保守治療。飲食上要注意多補充維生素，多吃水果，盡量不要吃辣椒海鮮等刺激性食物。

您想解決卵巢囊腫的治療問題。1、這個病是比較好治療的，您可以去二級以上的醫院治手術治療。2、您還可考慮請中醫大夫看看，請醫生對您的身體進行明確的辯證后選用中藥來調治一下。可考慮選用桂枝茯苓丸加減調治。3、保持心情舒暢，練達豁達樂觀的心態和性格；生活要有規律，起居有常，保證足夠的睡眠；加強體育運動鍛煉，早晨跑步晚上散步，勞逸結合，避免疲勞；不要吃辛辣肥膩煎炸生冷硬過咸過酸食物，不要暴飲暴食，飲食以八分飽為宜。