陰莖短小且勃起時龜頭被包住，可能由多種因素導致，如包皮過長、肥胖、遺傳、激素水平異常、發育不良等。治療方法包括手術、藥物、生活方式調整等。 1. 包皮過長：過長的包皮可能限制陰莖發育和影響勃起。可通過包皮環切術進行治療。 2. 肥胖：腹部脂肪堆積會使陰莖相對短小。需要控制飲食、增加運動來減輕體重。 3. 遺傳：家族遺傳因素可能影響陰莖大小。這種情況較難改變，但可通過增強身體素質來提高整體健康水平。 4. 激素水平異常：如雄激素分泌不足。可在醫生指導下補充十一酸睪酮等激素藥物。 5. 發育不良：可能是在生長發育過程中受到某些因素影響。需要就醫檢查，明確原因后進行針對性治療。 總之，出現陰莖短小且勃起時龜頭被包住的情況，應及時就醫，明確原因，采取合適的治療方法。同時，要保持良好的生活習慣，有助于改善狀況。

你所說的這種情況是包皮過長或包莖，應該就醫進行合理地診治。包皮過長一般是保守治療或手術治療，保守治療是對局部經常清洗，減少包皮垢對龜頭的刺激，手術治療比較徹底，防止包皮垢的產生，包莖一般是手術治療，應該根據自己的實際合理的選擇治療。

正常成人的陰莖在疲軟狀態下有7-9厘米，勃起以后大概就是11-16厘米。如果疲軟狀態下小于5厘米，而且勃起時小于10厘米，才能叫陰莖短小。作為大多數男性來講，性成熟期是18周歲，基本發育就差不多了。目前對于陰莖短小唯一安全有效的方法就是手術治療。它是一個技術含量非常高的手術，建議您選擇正規的專科醫院。