小便時陰莖疼痛可能由尿道炎、前列腺炎、尿路結石、陰莖外傷、性傳播疾病等引起。 1.尿道炎：多由細菌感染導致，常見細菌如大腸桿菌等。炎癥刺激尿道黏膜，引起疼痛，還可能伴有尿頻、尿急、尿道口紅腫等癥狀。 2.前列腺炎：前列腺發生炎癥，可導致會陰部、陰莖等部位疼痛，排尿時疼痛可能加重，常伴有排尿異常、性功能障礙等。 3.尿路結石：結石在尿路中移動時，可能損傷尿道黏膜，引發陰莖疼痛，同時會有血尿、尿痛等表現。 4.陰莖外傷：如陰莖受到撞擊、擠壓等，導致局部組織損傷，小便時會產生疼痛。 5.性傳播疾病：如淋病、梅毒等，病原體感染可引起尿道炎癥和組織損傷，導致陰莖疼痛，還可能有尿道口分泌物等癥狀。 總之，小便時陰莖疼痛可能是多種疾病的表現，如果出現這種情況，應及時到正規醫院就診，進行相關檢查，如尿常規、前列腺液檢查、超聲檢查等，以明確病因，并在醫生的指導下進行治療。

考慮尿路感染或者前列腺炎，建議醫院泌尿科進一步做前列腺液常規以及尿液常規檢查確定，可以服用左氧氟沙星或者阿奇霉素等抗生素治療，注意飲食清淡