手術治療為子宮內膜異位癥的主要方法，因為在直視下可以基本上明確病灶范圍和性質，對解除疼痛，促進生育功能效果較好，療程短尤其對重癥者，纖維化多，粘連緊密，藥物不易奏效。較大卵巢內膜樣囊腫，藥物治療無效，手術尚有可能保留有效卵巢組織。手術可分為保守性手術，半根治性手術和根治性手術3種。　　（一）保守性手術：主要用于年輕、有生育要求者。保留子宮及附件（盡量保留雙側），只是切除病灶，分離粘連，重建卵巢，修復組織。近年來應用顯微外科手術，切除異位病灶，仔細縫合創面，重建盆腔腹膜，仔細止血，徹底沖洗，使手術效果臻于完善，提高手術后妊娠成功率，降低復發率。　　1.腹腔鏡手術：通過腹腔鏡檢查，可明確診斷，可用特種設計的刀、剪、鉗等進行病灶切除，分離粘連。在腹腔鏡下可用CO2激光器或氦-氖激光器燒灼病灶，即在恥骨聯合上2cm處做第二切口，激光刀通過這切口的套管進入盆腔，在腹腔鏡直視下燒灼病灶。也可經腹腔鏡穿刺吸出囊液，再用生理鹽水沖洗，然后注入無水乙醇5～10ml，固定5～10分鐘后吸出，最后用生理鹽水沖洗后吸出。　　在腹腔鏡下還可行輸卵管通液檢查。　　2.B超下行卵巢內膜樣囊腫穿刺術：對手術剝離術后或腹腔鏡下穿刺后復發病例，可考慮超聲下穿刺術及藥物治療。　　3.剖腹保守性手術：用于較嚴重病灶粘連患者，尤其是無腹腔鏡設備醫療機構或腹腔鏡掌握不熟練者，皆可實行剖腹手術分離粘連，挖除卵巢子宮內膜樣囊腫，盡可能保留正常的卵巢組織，如病灶僅限于一側且較重，另一側正常，有人主張將病側附件切除。這樣做妊娠率較保留病側卵巢后的妊娠率高。還可做簡單子宮懸吊術。是否做骶前神經切除值得商榷。　　保守手術的重要目的之一，為希望妊娠足月分娩，故術前應對夫婦雙方進行徹底的不孕檢查。術后復發者仍可再次采用保守手術，仍可獲得療效。　　（二）半根治手術：無生育要求，病灶嚴重，而年齡較輕者（＜45歲），可行子宮和病灶全切，但盡可能保留一側正常的卵巢組織，以避免絕經期癥狀過早出現。一般認為半根治術后復發率低，后遺癥少。切除子宮可去除具有活力的子宮內膜細胞種植的來源，從而可減少復發機會。但因保留了卵巢仍有可能復發。　　（三）根治性手術：年齡接近絕經期，尤其病情重，有過復發者，應實行全子宮及雙側附件切除。手術時盡可能避免卵巢內膜囊腫破裂。囊液流出時應盡快吸盡，沖洗。術后出現更年期綜合癥者，可用鎮靜劑及尼爾雌醇。　　

子宮內膜異位癥會不會復發，這要看情況。與子宮內膜異位癥的發病機理一樣，復發的可能性除了與手術的方案有關外，還與患者的年齡有關。對于接近絕經的女性來說，由于雌激素分泌功能的降低，使復發的概率也隨之下降。而育齡女性的復發概率則相對較高。從治療方案來說，子宮內膜異位癥復發的可能性有較大的區別。如果僅僅是把病灶去掉，子宮和附件都留著得話，五年之后復發的機率在５０％左右。

子宮內膜異位癥這是會導致女性不孕和痛經出現的。那么一旦出現請及時的采取有效的治療。　　目前子宮內膜異位癥，最好的治療方法，是采用手術治療——微創手術進行治療。該方法，可以微創手術，切口小，損傷小，痛苦小，恢復快。術后及時在醫生的指導下同房試孕，可以有效地預防內異癥的復發。

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